Jeszcze raz, bo nie rozumiem o co chodzi...
1. Partycje tworzysz tak, że na początku karty jest FAT32, a potem ext2. Jak zrobiłeś odwrotnie to windows nie zobaczy partycji fat32.
2. Samo usunięcie link2sd nie usuwa partycji ext z karty pamięci.
3. Wystarczy format karty pamięci z poziomu windowsa żeby była znowu widoczna - podłącz telefon jako pamięć masową - powinno wtedy wykryć kartę.