Ta ścieżka, którą podałeś (/mnt/shell/emulated/clockworkmod/backup), znajduje się w pamięci wewnętrznej.
Pamięć wewnętrzna: /storage/emulated/0
Pamięć zewnętrzna: /storage/sdcard1
- - - - - - - - - - - - - - -
A w /mnt/shel/emulated masz pamięć wewnętrzną, tylko tu masz pliki, których nie widać w /storage .
Nie wiem, czemu CWM tworzy swoje kopie właśnie w /mnt/shell/emulated, zamiast w /storage, żeby można było skopiować normalnie na kompa...
Na windowsie miałbyś to samo.