Ale jakie kombinowanie?
Pamięć wewnętrzna nie wpływa w żaden sposób na system, a raczej nie powinna wpływać, bo z dzisiejszymi androidami od googla już nic do końca nie wiadomo.
Na aktualnym systemie robisz wipe /data i /data/media - czyli czyścisz w pełni swoją kartę SD, reboot, ROM wstanie. Potem na czyściutką pamięć wewnętrzną wrzucasz nowy system, reboot do recovery, w recovery czyścisz /data /system /cache /preload (a w zasadzie wystarczy dwa pierwsze), wgrywasz ROM który już posiadasz (wipe /data nie rusza /data/media), i voila - boot.
Jakbyś się uparł i miał OCD to np. przez TWRPowy file manager możesz jeszcze wywalić wszystkie pliki i foldery z /data/media (wraz z zipką), a jeśli jest to ROM który nie rusza twojego /data (w zasadzie większość, ale już np. AD rusza), to możesz jeszcze raz strzelić wipe /data wraz z /data/media, w tym wypadku wrócisz do tego samego stanu co z początku, czyli masz zainstalowany czysty system (tyle, że nowy) i wyczyszczoną kartę SD. Warto zauważyć tylko, że NIE JEST TO POTRZEBNE. Pełny poprawny wipe to wipe /data i /system (bez /data/media), wgranie systemu i boot. Czyszczenie /data/media, czyli pamięci wewnętrznej gdzie znajduje się zipka z systemem jest opcjonalne, i jak zaznaczyłem nie powinno w żaden sposób wpływać na system.