Witamy
Przy flashowaniu 4.4.4 będzie full wipe, zmieni się trochę układ partycji i ich wielkość (np. 4gb pamięci wewnętrznej). Najprawdopodobniej wszystko będziesz musiał podlinkowywać i ustawiać od nowa w Link2SD.
W zależności czy chcesz zachować save'y z gier, możesz zrobić backup w Titanium Backup. Ale nie wiem czy nie lepiej każdą grę odlinkować by pliki były w pierwotnych lokalizacjach i dopiero zrobić backup, nie wiem jak to TB ogarnie razem z działającymi linkami z Link2SD.
Pamietaj, że często sejwy gier są w jakiś innych lokalizacjach i titanium backup po prostu nie zrobi ich backupu, Trzeba to zrobić manualnie, skopiować katalog z sejwami.
Możesz jeszcze popytać w temacie dotyczącym Link2SD.