Jak już pisałem masz takie opcje:
S-ON :
1. Wgrywasz RUU. (Na XDA są dostępne następujące wersje 1.90.401.5, 1.80.401.1, 1.30.401.1, 1.21.401.4). Czyli ładujesz czysty system i tak wgrywasz WSZYSTKO od nowa.
2. Przywracasz stan stock'owy swojego telefonu i pobierasz OTA bezposrednio z androida albo wymuszasz instalacje z karty, pobranej paczki z OTAprzez stock'owe recovery(wtedy nie tracisz zainstalowanych programów, tylko root'a - ale ta opcja dla Ciebie jest bez sensu bo i tak Vipera musisz przywrócić do stockowego czyli i tak wszystkie programy stracisz - to jest opcja raczej dla tych co wgrywają roota na stock'owy rom - jak ja)
S-OFF
1. Opcjonalnie ustawiasz SuperCID'a (ignoruje sprawdzanie CID'a podczas instalacji FW, ale od jakiegoś czasu nie ignoruje sprawdzenia MID'a), pobierasz z XDA odpowiedni firmware najlepiej własnie w wersji, która nie czyści systemu.Potem z poziomu download flashujesz za pamocą fastboot'a nowy firmware.
Czyli wgrywając nie "czyszczący" FW jesteś w stanie uaktualnić FW bez konieczności ponownego wgrywania TWRP, root'a czy customowego rom'u.
W poprzednim poscie zamieściłem link do XDA z dość szczegółowo opisanym zagadnieniem flashowania FWz S-OFF.