Szukałem rozwiązania tego problemu m.in. na XDA i jedynie co udało mi się ustalić to, że aplikacje muszą być wspierane przez EMUI, aby pokazywać ilość powiadomień na aplikacji. Więc trzeba pisać do Huawei, aby dodali wsparcie dla FB i Messengera lub skorzystać po prostu z aplikacji do tego przeznaczonej (jest parę darmowych w sklepie Play).