Czy chodzi ci o:
1. Przeniesienie aplikacji z Eclipse do Android Studio?
2. Napisanie aplikacji od nowa jako nowa wersja?
3. Rozszerzenie aktualnej wersji na podstawie aktualnych źródeł?
4. Wersjonowanie aplikacji za pomocą zewnętrznych systemów (GIT, SVN..)?
Ad. 1 - teoretycznie Android studio powinien wszystko przenieść bez problemu na swoje struktury. Czasami wymaga to jeszcze drobnych poprawek
Ad. 2 - nie ma problemy, trzeba tylko użyć tego samego package name oraz podpisać aplikację tak samo jak poprzednia
Ad. 3 - ja robię backup aktualnej wersji z odpowiednim numerkiem i pracuję dalej na aktualnych źródłach
Ad. 4 - Obydwie aplikacje wspierają wersjonowanie zmian w aplikacji. Sprawdź sobie Git'a