tl;dr Aktualizując cokolwiek wyłączcie wpierw wszystkie motywy, usuńcie Substratum, a najlepiej na końcu sflashujcie zipa ratunkowego z folderu Substratum.
Masz rację, mój błąd. Config w tym przypadku okazał się prawdopodobnie winowajcą. Podejrzewam, że główną przyczyną było zainstalowane Substratum. Zaraz po odcegleniu telefonu (OOS 4.0.3) niektóre aplikacje wyłączały się zaraz po otwarciu (telefon, handcent, sklep Play), a do tego próba przywrócenia backupu systemu TWRP z 4.1.6 powodowała bootloop. Odinstalowałem Substratum, następnie sflashowałem paczke Substratum_rescue_legacy z folderu Substratum w pamięci wewnętrznej. Następnie flash paczki 4.1.6 ze strony producenta (co naprawiło problem wyłączających się aplikacji). Potem zrobiłem już podobnie jak Roy napisał - wipe system, cache, dalvik. Następnie flash 4.1.7, odmontowanie\zamontowanie partycji system (bez tego wywalało błąd) i flash Magisk 13.3, nieresetując telefonu. Udało się to wszystko zrobić nie tracąc żadnych danych więc jak dla mnie pełen sukces. Dziękuje za pomoc.