Komenda
adb push /folder/* /jakis/folder
/* po katalogu oznacza ze przeniesiesz wszystkie pliki z tego katalogu do urzadzenia np.
adb push /apki_systemowe/* /system/app
jeśli chcesz nadać uprawnienia całemu folderowi po przekopiowaniu plików robisz tak
adb shell chmod 0664 /system/app/*
i tó znów po folderze dodajesz /* 0644 to wiadomo uprawnienia rw-r--r--
Chyba najprościej ci będzie adb przerzucać.