ja bym spróbował wrzucić (skopiować na telefon) aplikacje, które wyciągnąłeś z oryginalnego softu od sony, w miejsca w których się one znajdowały (czyli w /system/app/ ), zrobił Factory Data Reset i sprawdził jak się wtedy będą zachowywać.
i może też być tak, że część tych aplikacji odwołuje się do jakichś bibliotek, czy czegoś innego, co było dostarczone razem z softem od sony a nie ma tego w tym customie...