Wszystko, co miałeś na fonie zostanie (z wyjątkiem kernela). Chyba, że będziesz później zmieniał sales code, wtedy fon przełączy się do recovery, coś tam ustawi i zrobi wipe.
@edit: Jeśli uruchamia ci się download mode wgraj jakikolwiek czysty soft. Jeśli wgrywałeś wcześniej soft MD1, odradzam wgrywanie w jego miejsce softu LC4, chyba, że przejściowo (LC4 zmienisz później na nowszy), bo aplikacja kontakty będzie wywalać błąd.
P. S. Sory, gdybym wiedział, że masz zmieniony kernel i CWM, nie doradzałbym Ci zmiany sales code.