Coraz bardziej wiem o co chodzi...
Otóż zauważyłem, że kiedy podpinam tel do kompa i włączam go w tryb "napęd dyskowy" (chyba jedyny w którym można wgrać pliki na kartę), to karta zostaje odpięta od telefonu... wystarczy, że przesunę ekran główny tam gdzie są ikony aplikacji z karty i ikony znikają.
Jeśli odepnę telefon nie używając "bezpiecznego" wyłączania, to ikony nie wracają do stanu pierwotnego.
Aby przywrócić ikony można zrobić reset telefonu - pomaga, ale tylko na ikony znajdujące się bezpośrednio na któryms z pukpitów, w folderach nie odświeża.
Odnoszę za to wrażenie, że ikony najlepiej się odświeżają nie przy restarcie, tylko po wyłaczeniu telefonu i jego włączeniu (fast boot).