Dzięki za podpowiedź ale niestety przez moje TWRP nie działały 3 rodzaje GAAPsów, próbowałem też instalować wcześniejsze wersje CM - oprócz 4.4r4 jeszcze r3 i b4 i również GAAPSy nie wchodziły (kiedyś instalowałem te same i chodziły!).
Kierując się metodą instalacji Clockworkmod recovery przez Odin
Install Clockworkmod Recovery (CWM) on Samsung Galaxy S Plus I9001
udało mi się wreszcie pozbyć twrp 2.3.6.0.
Następnie bez problemu wgrałem system cm11 4.4r4 z GAAPsami YourZgappsXS-4.4-2014.03.16 ale wystąpił błąd przy próbie wrzucenia k^kernela. Dorzuciłem już normalnie przez recovery (w twrp 2.3.6.0 przy próbie wgrania innego recovery wyskakiwał błąd) twrp 2.2.1 i ostatecznie wgrałem kernela.
Nie wiem gdzie leży problem. Wgrywałem już system wiele razy i nigdy takich jaj nie było. Myślałem, że może karta SD nabyła jakieś bad sektory ale nie. Wszystkie pliki były poprawne, zresztą próbowałem też wgrywać je z wbudowanej karty.