Z tego co wiem na Gmailu masz parę grup kontaktów jedna odpowiada za te zsynchronizowane z telefonem czyli to co usuniesz na telefonie usuniesz też na Gmailu i na odwrót.
Musisz na Gmailu przenieść te kontakty do innej grupy, żeby się nie skasowały na telefonie i na gmailu ponieważ tak jak napisałem powyżej grupa Android cośtam synchronizuje się z telefonem i na odwrót.