Może masz faktycznie problem z rootem a dokładniej z apką do zarządzania nim. Przypuszczam że używasz Superusera więc sprawdź czy masz najnowszą wersję i binaria. Jak nie to wgraj je z marketu. Potem dodaj apkę do odtwarzania filmów z blokadą na root. Scal też zarządcę roota z ROMem by nie zajmował niepotrzebnie wolnej pamięci.
Czasami właśnie brak najnowszych binariów jest problemem (albo jakiś 'nadmiar'). W ub. roku był np. problem z SuperSu gdzie pomagał tylko powrót do poprzedniej wersji (dlatego warto mieć zawsze backup) i dopiero po updacie od developera wróciło wszystko do normy. Developer SuperSu szybciej reaguje na bugi. Może spróbuj zmienić na tego zarządcę.
Dochodzi jeszcze temat używanego recovery. Ja mam TWRP 2.6.1.0 i na razie nie widzę problemów. Do filmów natomiast warto używać MxPlayera Pro bo ten wbudowany to się nadaje do ...
Jeśli chodzi o zamykanie się apek i komunikat z roota "proces shell uzyskal uprawnienia" ... miałem coś podobnego tylko przy Operze Classic w poprzednim ROMie niewyczyszczonym ze śmieci samsungowych i innych dodatków. Jak się za to zabrałem to wszystko ustąpiło. Te 'cukierki' potrafią czasami też narozrabiać.