Wydaje mi się, że update.zip zawiera w sobie plik z informacją co zawiera paczka, więc musiałbyś też zmienić te informacje, żeby uwzględniło przy aktualizacji pliki które dodasz.
Najprościej jest wgrać ROM, i spod adb shell na koncie roota usunąć z katalogu "/system/app/" to czego nie chcesz, a to co Cię interesuje do tego katalogu wrzucić. Pamiętaj tylko że po wrzuceniu, plikom musisz ustawić prawa dostępu i zmienić właściciela przez busyboxa poleceniami:
busybox chmod 644 aplikacja.apk
busybox chown 1000:1000 aplikacja.apk //na standardowym ROMie jest to 0:0, więc sprawdź wcześniej jakiego właściciela mają pozostałe pliki
Wiadomości: Conversations.apk
Odtwarzacz: SemcMusic.apk