Hmm.... nie wiem czy dobrze zrozumiałem, al może pomoże... 😛
Wina znikających folderów może leżeć m.in. po stronie nie odmontowania systemu plików po wgraniu nowych plików... Jeżeli coś skopiujesz na kartę to przed odłączeniem czytnika itp musisz odmontować ją w systemie...
Dla Windows bezpieczne usuwanie urządzeń... Linux i inne Unix: po prostu odmontowywujesz z poziomu menadżera plików lub linii komend...
Nie poprawne odłączenie urządzenia może powodować "znikanie plików" i uszkodzenie systemu plików(zapis danych na np. karcie nie kończy się wcale wraz ze zniknięciem "okienka kopiowania")...
-> Zalecam format wszystkich partycji jakie znajdują się na karcie (zwykłym, a nie szybkim formatem),a następnie zeskanować kartę w poszukiwaniu błędów... 🙂