Każdy root jest w pewnym sensie obarczony zwiększonym ryzykiem ataku na telefon (nadane są prawa Super Administratora i możliwość modyfikowania plików systemowych). Dlatego pewne aplikacje (szczególnie bankowe mogą nie działać na telefonie zrootowanym). Co do włamania na konto bankowe, to nie jest takie proste. Dane przesyłane są zaszyfrowane, a poza tym wykonanie przelewu z konta wymaga dodatkowych czynności autoryzacyjnych.
Dyskusja na temat bezpieczeństwa aplikacji bankowych na androida trwa od dłuższego czasu i jak do tej pory nie widać końca.
Co do Towelroota, to wykorzystuje on lukę w systemie, dlatego antywirus krzyczy o trojanie.
Mo zrootowaniu i odinstalowaniu Towelroota możesz przeskanować jeszcze raz telefon.