U mnie sgs, też raz na jakiś czas ma problem z zapisywaniem ustawień programów. Najczęściej własnie pogoda i poweramp, próbowałem usuwać cache, dalvik cache, ale nigdy nic nie dawało. U mnie jedynym ratunkiem na to jest wgranie softu od nowa. Od razu uprzedzę Cię, że jeśli sobie zrobisz kopię daty w cwm to potem po odzyskaniu program dalej nie będzie trzymał ustawień. Po prostu musisz od nowa wgrać soft i wszystkie programy tak po instalować. U mnie często przestaje zapisywać ustawienia po zabawie kernelami i włączeniu lagfix'a.
Nie wiem jaki masz soft i jakie ustawienia, ale z mojej ciekawości napisz, czy przypadkiem też nie bawiłeś się ostatnio kernelami, czy po prostu samo z siebie przestało zapisywać ustawienia tego programu.