Po pierwszym otrzymaniu telefonu do ręki w serwisie sprawdzane jest czy coś było grzebane- czyli klasycznie flaga knox, licznik bądź o ile to możliwe status w ustawieniach. Jeśli nie ma opcji aby wejść do trybu download i te rzeczy sprawdzić (bo np. Płyta jest trwale uszkodzona) to wtedy serwis nie ma jak tego sprawdzić i dokonuje naprawy. Możliwe że mają jakieś inne sposoby , ale nikomu nie chce się zbyt głęboko grzebać bo takich zleceń jak Twoje to oni mają kilkanaście dziennie.
Mogą Ci odmówić naprawę mechaniczną, gdyż skoro wykryli custom rom, to można stwierdzić że np. zbyt wysoką wartość (w ustawieniach kernela) ustawiłeś napięcie wyjsciowe portu przez co się uszkodził.
Jest to oczywiście przykład realny i wymyślony na poczekaniu, nie twierdzę że tak było.
Moim zdaniem mają podstawę do tego aby gwarancja została anulowana.