Menedżer plików będzie to widział kilka razy. Biblioteka odtwarzacza nie, tam powinno być widoczne tylko raz. Jeśli w odtwarzaczu widzisz podwójnie to znaczy że albo źle go skonfigurowałeś i dodałeś te same pliki 2 razy, tyle że z różnych scieżek, albo odtwarzacz jest kiepski.
Nic nie jest na rzeczy, do tych samych plików możesz dostać się przy pomocy różnych ścieżek i tak musi być. Nie zmienisz tego bo system tworzy skróty do katalogów automatycznie.
Widzę że nie bardzo rozumiesz o co chodzi, więc przyjmij do wiadomosci tylko to że tak musi być i to normalne a nie żaden błąd. W odtwarzaczu wskaż tylko jeden z tych folderów żeby szukał muzyki tylko w jednym z nich, albo znajdź odtwarzacz który mądrzej indeksuje pliki automatycznie i rozpoznaje że to ten sam folder jest w istocie, a ścieżki są wirtualne