twrp ma oddzielne opcje dla wipe
/system
/data
/cache
/internal storage
więc teoretycznie nie ruszasz /system robisz wipe reszty i powinno działać.
aczkolwiek na twoim miejscu zrobiłbym tak:
najpierw przez kabelek z kompa kasujesz całą zawartość pamięci (oczywiście przenosisz to czego nie chcesz stracić na komp) potem wrzucasz tylko zip z romem, gapsami i co tam potrzebujesz, następnie idziesz do recovery robisz wipe system, data, cache, dalvik itd bez internal storage
flaszujesz cm i gapsy i masz wtedy czystego cma bez zbędnych apek i pozostałości na pamięci wewnętrznej.