Jeżeli stock rom to i tak karta nie będzie działała z systemem plików innym niż FAT32. Możesz spróbować sformatować ją na ntfs pod Windowsem albo na ext3/ext4 w recovery. W tym drugim przypadku Windows nie zobaczy karty.
Tu akurat w niczym sobie nie zaszkodzisz, najwyżej telefon wyświetli ci komunikat że karta jest niesformatowana i pewnie zaproponuje fotmatowanie (na fat32 oczywiście). Nie twórz na karcie żadnych dodatkowych partycji, zrób tylko jedną primary, a w zasadzie sformatuj na inny system plików tą która już jest.
P.S. Wewnętrzna karta SD w telefonie tez ma system FAT32, więc nie dałbyś rady umieścić tam plików większych niż 4 GB.