Zainstaluj np. Link2SD, tam możesz usunąć aplikacje systemowe, oraz przekonwertować aplikacje użytkownika na systemowe. Nie wiem czy odpowiedziałem dobrze na twoje pytanie, bo chyba chodzi ci o to aby od razu po instalacji ROMu tych appek nie było lub pojawiły się dodatkowe, a więc znalazłem takie coś na innym forum: (więc nie podlinkuje, sam znajdź 😉)
"2) Dodanie/Usuwanie Aplikacji do Romu.
Dodanie Aplikacji do Androida to rzecz tak bardzo banalna że aż się nie będę rozpisywał. Wiadomo - potrzebujemy plik instalacyjny Aplikacji (rozszerzenie apk, tu polecam zaciekawić się z tematem starego dosyć narzędzia jakim jest Lucky Patcher - pozwala on m. in na stworzenie pliku APK wybranej aplikacji z poziomu telefonu z Androidem)Aplikacje wrzucamy do folderu /system/app. Sytuacja podobna jeśli któreś z aplikacji nie chcemy.Wystarczy ją wtedy usunąć z tego folderu.Uwaga! Aplikacje te są umieszczone na partycji system do którego przypisane atrybuty tylko do odczytu! Jeśli chcemy zezwolić użytkownikowi na Odinstalowanie wrzuconej przez nas aplikacjiumieśćmyją w folderze custpack/app/ ."
Czyli wygląda na to że po prostu wchodzisz do archiwum zip. ROMu, potem folder system, i app i tam usuwasz lub dodajesz aplikację w rozszerzeniu apk.
Mam nadzieję że, pomogłem 😉