1. Tak, factory reset/wipe powinien w zupełności wystarczyć. Jeśli jednak coś nie będzie tak, to można jeszcze partycję /system wyczyścić, jak kolega wyżej wspomniał.
Ale jeśli robisz tylko aktualizację, np. CM12.1 wgrywasz następną wersję Nightly to wystarczy zrobić wipe /cache, by nie tracić swoich danych.
2. Kernel po ROMie. Ale w zasadzie do wyboru mamy tylko ten od Squida - działa na 5.1.
3. Gappsy po wgraniu ROMu. Zostają przy aktualizacji, ale przy wykonaniu wipe/factory reset też są usuwane.
4. CM12.1 według mnie. Inne są na bazie jego źródeł, więc różnic w samym działaniu bym się nie spodziewał - ale w funkcjonalności owszem.
5. ROOT to inaczej dostęp do praw administratora. Aplikacja SuperSU służy jedynie do jego obsługi/nadawania uprawnień. CyanogenMod od jakiegoś czasu ma własną aplikację do obsługi ROOT - standardowo jest wyłączony.