Najlepiej instalować OD NOWA, a nie jako aktualizację CM 12 - w pierwszym poście jest metoda instalacji.
Niestety tracisz ustawienia swoich aplikacji - chyba, że masz roota i np za pomocą Titanium Backup zrobisz kopie programów.
Jeśli masz zainstalowany system na czysty telefon (nie jako nakładkę na 12, tylko robiłeś wipe), to zawsze możesz poeksperymentować z resetowaniem motywu, albo przywróceniem ustawień domyślnych w telefonie.