Jeśli usuniesz jedną za dużo - fon się nie odpali. Następne twoje pytanie będzie "jak wgrać system?".
TB, link2sd, sd maid - każda z nich ma opcję wyłączenia/zamrożenia/wstrzymania aplikacji.
Czemu po reboot wracają? Nie wiem, nie powinno tak być.
Factory reset - zawsze je włączy.
Aplikacja, której użyjesz do wyłączenia musi być aktywna na fonie.
Może masz gdzieś ustawione auto przywracanie danych itp.