Możesz po prostu ściągnąć obraz systemu ze strony Google i postępować zgodnie z instrukcją na tejże stronie. Oczywiście wyczyści to dane na telefonie, ale to jest oryginalny, prosto od Google system.
Odnoście Twojego drugiego pytania, root na nexusie daje możliwość jeszcze większej konfiguracji. Możesz zmieniać całe romy, kernele dające więcej SoT lub jeszcze szybsze działanie kosztem baterii, gravity box i inne. Generalnie to samo, co na S3 miałeś 🙂
Choć mi osobiście, od dłuższego czasu, stock odpowiada i nic nie wgrywam.