No tak. Jeżeli jest custom ROM (a nie rootowany stockowy), to kolejność jest trochę inna.
Na custom ROM wgrywasz brandowany (jeżeli custom ma CWM to po Wipe data/factory reset> Clean to Install a New ROM).
Jeżeli nie ma tej opcji można wgrać skrypt czyszczący GS4ROMNuke . Link do strony na XDA: [CWM UTIL] GS4 Wipe Scripts (GT-i9505) - xda-developers
Po wgraniu brandowanego ROM-u Wipe data/factory reset (w stockowym recovery)- CSC zmieni się na operatora.
Root przez wgranie: CF-Auto-Root-jflte-jfltexx-gti9505, następnie przywracanie stanu oficjalnego przez wgranie I9505_OFFICIAL_STATUS_MOD.tar.md5.
W recovery wipe data/factory reset
Sprawdzenie i ewentualne zerowanie TriangleAway (prawdopodobnie licznik będzie -0), sprawdzenie stanu urządzenia w Menu>Ustawienia.... i w Download Mode.
Jak jest wszystko oficjalne jeszcze raz wgranie brandowanego ROM-u
Na koniec jeszcze raz wipe/data factory reset w recovery (dla pewności)
Telefon po takich zabiegach na 100% "czysty" z brandowanym ROM-em.