Oprócz długiego czasu wyświetlania animacji startowej system dodatkowo przed wczytaniem pulpitu będzie aktualizował wszystkie aplikacje, akurat w tym przypadku trzeba być bardzo cierpliwym. Jeśli nic się nie zmieni, proponowałbym wrzucenie czystego softa, roota, recovery i xposed w pierwszej kolejności. Konfigurację i aplikacje zostawiając na koniec.