Zapewne sam juz znalazłeś rozwiązanie.
Aktualizacja cm nie jest aktualizacją ota - usuwa zawartość partycji system i wgrywa cm od nowa. Gapps zostają również usunięte(zostają tylko ich aktualizacje na partycji data, która nie jest formatowana - bezużyteczne śmieci).
Aby poprawnie przeprowadzić aktualizację należy wykonać "dirty flash".
Wgrywasz cm.zip + nowe gapps.zip, czyścisz tylko cache i dalvik cache(przed i po).
Ja nie aktualizuję aplikacji google pomiędzy aktualizacjami cm - żeby nie mieć śmieci.
CM 14.1 ma wprowadzić aktualizacje ota - jeszcze nie działają.
@Adrian_Celej