Nie usunie Ci tego, chyba że sam to zrobisz. To nie foldery, tylko linuxowe archiwa tar.gz
/efs to w sumie ze starego nazewnictwa. Kiedyś pod takim punktem montowania były dostępne te dane. W tej chwili w różnych telefonach może to wyglądać inaczej, a nawet dane mogą być podzielone na dwie partycje.
W moim przypadku, jak robię backup w TWRP mam kopię efs1 i efs2