Backup sprzed modyfikacji masz? Ja bym przywrócił
Jeśli nie masz to na początek z poziomu recovery wyczyściłbym cache i dalvik-cache i restart
Mam jeszcze pomysł na usunięcie pliku z informacjami na temat uprawnień aplikacji /data/system/packages.xml i restart. To zresetuje na pewno wszystkie uprawnienia do ustawień domyślnych.
Plik powinien się odbudować, ale trudno powiedzieć, jak to będzie wyglądało na Twoim pomodyfikowanym systemie
Koniecznie zrób backup w recovery. Najwyżej, jak coś pójdzie nie tak, to przywrócisz backup