Może wyda Ci się to banalne, ale korzystałeś z narzędzia sprawdzania błędów na nośniku? Jeżeli tak to co wyskakuje w raporcie?
Spróbuj też wykonania operacji (sprawdzanie, czyszczenie, formatowanie) na innym czytniku kart lub nawet z innymi sterownikami i innym komputerze w miarę możliwości. Z opisywanych przez Ciebie zdarzeń nie wygląda mi to na uszkodzenie kontrolera. A leżeli uszkodzenie dotyczy pojedynczych bloków to mało, że można usunąć wszystko co znajduje się na obszarze "zdrowym", to można też nadal z pamięci korzystać (niestety z uszczerbkiem na pojemności).
Są przecież narzędzia nawet wbudowane w system Windows, które potrafią wykryć uszkodzone bloki, odpowiednio je opisać i wykluczyć z użytku, udostępniając pozostałą przestrzeń do wykorzystania. Jeżeli posiadasz system Windows 7/8 które wspierają obsługę formatu FAT64 (exFAT), to nawet nie potrzebujesz do tych operacji dodatkowego oprogramowania, czy nawet aktualizacji systemu.
Jeżeli nie dysponujesz nowymi systemami Windows możesz skorzystać z GParted (bodajże od wersji 0.13 jest wsparcie dla FAT64) w systemach Linux lub jako obraz Live odpalany z płyty lub innego nośnika zewnętrznego.