po pierwsze to nie jest dział xiaomi (a z Twoich pytań wynika że odnośnie xiaomi interesują Cię odpowiedzi),
po drugie (dot. raczej wszystkich marek):
1. aktualizacje robi się normalnie, tak samo jak na niezaszyfrowanym
2. jeśli system jest zaszyfrowany i masz ustawioną w systemie blokadę (wzór/pin/twarz/paluch/itp.) to zaleca się usunięcie blokady przedzrobieniem kopii nandroid, ponieważ po przywróceniu kopii "z blokadą" zmianie ulegnie klucz szyfrowania i system nie wystartuje, są na to awaryjne sposoby, np.można z poziomu TWRP usunąć pliki odpowiedzialne za ustawioną blokadę, po ich usunięciu system powinien się odpalić z nieustawioną blokadą (trochę zagmatwane, ale raczej do zrobienia)... lepiej po prostu robić kopię systemu bez blokady
3. no system zaszyfrowany na pewno jest wolniejszy, ale czy jest to do odczucia to już zależy od telefonu, na flagowcach z porządnymi prockami jest to nieodczuwalne
4. w TWRP nie ma opcji szyfrowania telefonu, więc mniemam że tylko z poziomu systemu
5. niczego nie trzeba się bać, do czasu jak nie przywraca się kopii nandroid (i ewentualnymi problemami z pkt. 2) używanie telefonu zaszyfrowanegojest zupełnie niezauważalne i nie różni się od używania tel. niezaszyfrowanego
Jak masz odblokowany bootloader to ewentualny ogarnięty złodziej zrobi z nim wszystko, poza uzyskaniem dostępu do Twoich danych (te powinny być bezpieczne, pod warunkiem że masz włączoną blokadę w systemie)
może wejść w recovery i zrobić full wipe, wyczyścić wszystko i uruchomić telefon, skonfigurować jako nowy użytkownik, nie sądzę by wspomniana "blokada konta xiaomi" coś pomogła (zwłaszcza że do konta xiaomi wcale nie trzeba się logować by używać telefonu, nawet do konta Google nie trzeba)... ale tutaj nie jestem pewny...