Można podmienić zawartość aplikacji bez żadnego problemu.
Prosta zasada, nie rozpakowuj archiwum (bo już nie zasygnujesz spowrotem). Musisz otworzyć archiwum (myślę o apk, to zip) i podmienić w nim pliki, ale nie rozpakowywać. A jak podmienisz już pliki to tak jak pisał q77, musisz zasygnować aplikację. Podmieniając zawartość apk rozsugnowujesz go, dla tego się nie instaluje.
I tak jak pisał q77, najłatwiej użyć do sygnowania mojego programu 😉
Pozdrawiam!