Wipe w recovery znaczy format /data /cache /android.secure ale zostawia w spokoju /system przez co uruchamia się normalnie tylko nie ma żadnych doinstalowywanych aplikacji gdyż /data jest wyczyszczone.
W przykładowym ROMie który wrzucany jest przez recovery mamy skrypt a w nim między innymi
format("yaffs2", "MTD", "system");
Czyli sformatowanie partycji system w systemie plików yaffs2.
Dlatego wszyscy zalecają zrobienie wipe by nie pozostawić nic w /data gdyż same flashowanie tego nie usuwa(inaczej jest przez np. ODINa czy innego flashtoola).
Koniec końców, ręcznie formatując wszystkie dostępne w recovery partycję wykonasz tą samą operację co wipe data+flash 🙂