@Pekin
Być może Twoja aplikacja od "popupów" wykasuje oryginalne powiadomienia za pośrednictwem NotiGo:
[App, root] Clear missed call notification with "NotiGo" - xda-developers
Ja używam używam Droid Notify. Niby współpracuje z NotiGo, ale u mnie jakoś nie kasuje powiadomień 🙁
EDIT:
Jadnak kasuje. Odinstalowałem Droid Notify, zainstalowałem ponownie i działa 🙂
Zapewne NotiGo powinno być zainstalowane przed Droid Notify.