FAT32 jest systemem plików stosowanym w Windows, wszelkie ext w Linux. Android jest systemem unixowym, czyli natywnie wykorzystuje systemy plików ext, których Windows (bez dodatkowej ingerencji) nie odczyta.
Jeśli zamierzasz podłączać telefon kablem USB do komputera, na którym posiadasz Windows i nie zamierzasz specjalnie się nad tym zastanawiać, to wybierz FAT32. Dla swojej własnej wygody.
Jeśli jednak zależy Ci na większej sprawności Androida, większej szybkości odczytu/zapisu danych z karty, wybierz ext3/4.